Los espers de Ciudad Academia están clasificados en seis niveles, donde el "Nivel 0" carece de poder mientras que el "Nivel 5" posee una cantidad abrumadora. De los varios millones de Espers que residen en Ciudad Academia, sólo siete de ellos han alcanzado el Nivel 5, y el clasificado más alto entre ellos es el conocido como Accelerator.
Toaru Kagaku no Accelerator se centra en el Nivel 5 más fuerte después de proteger al alegre Last Order al precio de gran parte de su poder. Recuperándose en el hospital, Accelerator ha llevado una vida relativamente tranquila hasta que termina salvando la vida de Estelle Rosenthal, una misteriosa chica que porta una foto de Last Order. Desafortunadamente, Accelerator ahora se ve arrastrado a un nuevo conflicto en la forma de una organización siniestra llamada Acción Disciplinaria que planea utilizar Last Order para una misión peligrosa. Ahora que han puesto su plan en marcha y están persiguiendo a la joven, depende del esper más poderoso del mundo y su nuevo compañero proteger Last Order y defender Ciudad Academia en el proceso.
(Fuente: reescritura MAL)