En la historia de la película, justo antes de completarse el ascensor espacial de Ciudad Academia "Endymion", los personajes principales Kamijou e Index se encuentran con una chica de nivel 0 llamada Arisa. Los magos están detrás de Arisa y atacan Ciudad Academia. Una líder llamada Shattoaura lidera una unidad de Ciudad Academia contra el ataque. Kamijou e Index aprenden de Stiyl que Arisa es clave para una guerra que se avecina entre los bandos de la Magia y la Ciencia.
(Fuente: Red de noticias de anime)
