Unos años después de las aventuras de los Niños Elegidos en el Mundo Digital, se convoca a una nueva hornada de Niños Elegidos para salvar el Mundo Digital. Un gobernante malvado conocido como el Digimon Kaiser, o Emperador Digimon, está sometiendo a esclavitud a los Digimon del Mundo Digital. El nuevo grupo de Niños Elegidos, con la ayuda de sus Digimon, emprende entonces un viaje para detener al malvado Emperador Digimon.
