La historia se desarrolla después del final de la final del torneo Holy Road del primer anime de Inazuma Eleven GO, y Tenma regresa a la escuela secundaria Raimon. Sin embargo, este no es el Raimon que Tenma recuerda, y los miembros del equipo Raimon ya no juegan fútbol.
Tenma se da cuenta de que este es un mundo paralelo cuando Alpha, el capitán y delantero del equipo Protocolo Omega, aparece ante él. Alpha es parte de un proyecto secreto en el futuro para acabar con el fútbol.
Para ayudar a Tenma en sus aventuras, la furgoneta Inazuma Caravan que se ve en el anime anterior de Inazuma Eleven se ha modificado para convertirla en una máquina del tiempo voladora.
(Fuente: Red de noticias de anime)
