Hacia finales del siglo XIX, Allen Walker se une oficialmente a la organización de exorcistas dedicada a destruir a los seres conocidos como Akuma, armas mecánicas creadas por el Conde del Milenio a partir de las almas atormentadas de los muertos. Allen posee un ojo maldito y un arma anti-Akuma en lugar de un brazo, que encarna el poder de «Innocence», un don que le fue otorgado como apóstol de Dios. Allen, junto con sus compañeros exorcistas, debe poner fin al plan definitivo del Conde del Milenio, que podría llevar a la destrucción del mundo y de todos los que viven en él.
