Un grupo de 15 estudiantes de secundaria de élite se reúnen en una escuela secundaria de clase alta muy especial. Graduarse de esta escuela secundaria esencialmente significa que tendrás éxito en la vida, pero graduarte es muy difícil. La escuela está presidida por un oso llamado Monokuma, y él les explica que su graduación gira en torno a cometer un asesinato. La única forma de graduarse es matar a uno de tus compañeros y salirse con la suya. Si los demás compañeros descubren la identidad del asesino, el asesino será el único ejecutado. Sin embargo, si no logran atrapar al asesino, sólo el asesino se gradúa y los demás son aniquilados. ¿Cuál de los 15 sobrevivirá al baño de sangre que se avecina?