Después del asesinato de su padre, Ryuuko Matoi ha estado vagando por la tierra en busca de su asesino. Siguiendo su única pista (la mitad faltante de su invento, la Scissor Blade), llega a la prestigiosa Academia Honnouji, una escuela secundaria como ninguna otra. La academia está gobernada por la imponente y despiadada presidenta del consejo estudiantil, Satsuki Kiryuuin, junto con sus poderosos subordinados, los Elite Four. En la jerarquía brutalmente competitiva de la escuela, Satsuki otorga a los que están en la cima ropa especial llamada "Uniformes de Goku", que otorgan al usuario habilidades sobrehumanas únicas.
