Aunque ya ha pasado un año desde que se fundó el Club de Natación del Instituto Iwatobi, todavía no se han incorporado nuevos miembros. Ahora que Haruka Nanase y Makoto Tachibana están en el último curso, junto con sus amigos más jóvenes, Nagisa Hazuki y Rei Ryuugazaki, tienen que encontrar la manera de atraer a nuevos miembros. De lo contrario, el club se verá obligado a cerrar el año que viene por falta de socios.
Mientras tanto, con la graduación a la vuelta de la esquina, también es el momento de que los alumnos de último curso decidan sus planes de futuro. A diferencia de su amigo Rin Matsuoka, el nuevo capitán del Club de Natación de la Academia Samezuka, que está decidido a cumplir su sueño de ser nadador profesional, Haruka y Makoto no tienen claro qué camino profesional quieren seguir.
Surgirán más problemas cuando un viejo amigo de Rin, Sousuke Yamazaki, llegue a la ciudad para estudiar en la Academia Samezuka; la llegada del nadador, recientemente fichado, provocará tensiones en la relación entre él, Rin y Haruka.
[Escrito por MAL Rewrite]
