Kaito Kuroba, un estudiante adolescente normal cuyo padre suele estar ausente. Cuando su padre muere en circunstancias misteriosas, descubre la identidad secreta de su padre: un famoso criminal internacional conocido como el Criminal Internacional 1412, el Ladrón Fantasma, y que fue asesinado por una misteriosa organización por negarse a ayudarles a recuperar la «Gema de Pandora»; una piedra mística de la que se dice que derrama una «lágrima» durante el paso de un cometa concreto (a menudo llamado el «Cometa Volley»), cuya ingestión otorga la inmortalidad.
Jura impedir que la organización consiga la inmortalidad y asume la identidad de su padre al comenzar su búsqueda de la gema. Sus únicas pistas sobre la ubicación de la gema son que brilla en rojo bajo la luna llena y que es un doblete: una gema oculta dentro de otra más grande. Por lo tanto, tendría que ser una gema relativamente grande con una historia extraña, y siempre guardada en un lugar que nunca reciba la luz de la luna. Así, investiga y roba famosas gemas de valor incalculable con historias extrañas de zonas increíblemente bien defendidas, y siempre las devuelve tras la siguiente luna llena.
