Makoto Naegi, la Última Esperanza que derrotó a la Última Desesperación, Junko Enoshima, está bajo sospecha de traición contra la Fundación Futuro por albergar a los Restos de la Desesperación que llevaron a cabo su voluntad. Mientras los principales miembros de la Fundación Futuro, incluidos los antiguos compañeros de clase de Makoto, Kyoko Kirigiri, Aoi Asahina y Yasuhiro Hagakure, se reúnen para decidir el castigo de Makoto, todos son encarcelados por Monokuma, quien obliga a todos a participar en un juego de matanza final. Deben intentar encontrar entre ellos al traidor que los matará mientras duermen, al mismo tiempo que intentan evitar ser envenenados mortalmente por acciones prohibidas personalizadas. Empujados a un juego donde nadie puede confiar el uno en el otro, los ideales de esperanza de Makoto son llevados al límite.
(Fuente: IMDB, editado)
Emitido junto con Danganronpa 3: Zetsubou-hen, con Mirai-hen comenzando primero.