Criado por un misterioso hechicero tras la muerte de sus padres en un catastrófico incendio, Shirou Emiya apenas ha comenzado a aprender algunos rudimentos de la magia. Sin embargo, cuando se ve envuelto en una batalla entre dos poderosos magos, acaba lanzando un hechizo que supera sus capacidades, invocando accidentalmente a una hermosa mujer caballero para que lo proteja.
Shirou se ve así empujado, contra su voluntad, a la competición conocida como la Guerra del Santo Grial, donde siete magos llamados «Maestros», junto con sus compañeros espirituales llamados «Sirvientes», luchan por hacerse con un poderoso artefacto que, según se dice, concede cualquier deseo.
