Han pasado unos meses desde que Tomoya le declaró su amor a Nagisa, y su vida sigue adelante mientras conoce a gente nueva y va ampliando su mundo. A medida que el mundo de Tomoya se va ampliando, su relación con Nagisa entra en una nueva fase, y ninguno de los dos sabe muy bien adónde les llevará. A través de su relación con Nagisa, Tomoya empieza a comprender el significado y la importancia de la familia.
Pero a medida que Tomoya y Nagisa forman su propia familia, se enfrentan a muchas dificultades en el camino en Clannad: After Story
(Fuente: Sentai Filmworks, editado)
Nota: Incluye 2 episodios «extra» y «resumen» sin numerar que se emitieron al final de la serie.