Valkyria Chronicles está ambientada en un continente ficticio que recuerda a la Europa de los años 30. El continente, llamado Europa, está dividido en dos potencias principales: el Imperio Imperial, una monarquía en el este, y la alianza de democracias llamada Federación en el oeste. En este mundo existe un recurso muy importante llamado ragnita; sus usos van desde alimentar armas de guerra hasta su uso en tratamientos médicos. Dado que la ragnita es un recurso tan importante, la Federación y el Imperio están constantemente en guerra entre sí por ella.
La historia tiene lugar en el país neutral de Gallia, conocido por sus abundantes reservas de ragnita, cuando el Imperio decide invadir y apoderarse del ragnita. La historia sigue a Welkin, el hijo de un ex héroe de guerra; Isara, la hermana adoptiva Darcsen de Welkin; y Alicia, miembro de la guardia de la ciudad de Bruhl, mientras luchan contra los imperiales en el heterogéneo grupo de milicias galas, el Escuadrón 7.
El escuadrón 7 lucha por recuperar sus hogares y medios de vida con Welkin como líder del escuadrón y comandante del tanque Edelweiss; Alicia como exploradora; Isara como piloto del Edelweiss y una variedad de individuos coloridos.
