La Academia Militar del Imperio de Barsburg es conocida por formar a las élites que llevan a la victoria al imperio. Los alumnos de la academia utilizan libremente una habilidad llamada «Zaiphon» para luchar, aunque los tipos de Zaiphon que pueden emplear dependen de la naturaleza del soldado.
Teito Klein, un estudiante de la academia, es uno de los soldados más prometedores que ha producido. Aunque todos se burlan de él por ser un «sklave» (término alemán para esclavo) sin recuerdos de su pasado, entabla amistad con un compañero llamado Mikage. Mientras se prepara para el examen final, Teito descubre un oscuro secreto relacionado con su pasado. Cuando fracasa un intento de asesinar a Ayanami, un alto cargo que mató a su padre, Teito es encerrado a la espera de su castigo.
Con el único deseo de lo mejor para Teito, Mikage le ayuda a escapar. Teito acaba en la Iglesia del 7.º Distrito, donde es acogido por los obispos. Es aquí donde Teito intenta escapar de las garras de Ayanami y del Ejército, para poder recuperar sus recuerdos y descubrir por qué es él la persona capaz de cambiar el destino del mundo.
[Escrito por MAL Rewrite]
