Takamachi Nanoha, una alumna de tercer curso, se topó con un hurón parlante herido tras escuchar sus gritos telepáticos pidiendo ayuda. El hurón resultó ser Yuuno, un arqueólogo y mago de otro mundo que, sin querer, había esparcido por toda la Tierra las peligrosas «Semillas de Joya». Sin fuerzas para recoger las Semillas de Joya, Yuuno había vuelto a adoptar la forma de hurón y necesitaba que alguien más se encargara de la tarea por él. Le dio una joya roja a Nanoha y le explicó que con ella podría transformarse y usar magia para combatir a los monstruos que los amenazaban debido a las Semillas de Joya. Pero los monstruos son la menor de sus preocupaciones, ya que Yuuno y Nanoha no son los únicos que buscan recoger las Semillas de Joya.
