Aoi Nagisa se matricula en una de las tres escuelas católicas femeninas afiliadas de Astraea Hill: la Academia Femenina St. Miator. Allí descubre una comunidad de compañeras de clase enredadas en una intrincada jerarquía, en la que dos «Etoiles» representan a las tres escuelas. Para integrarse, Nagisa debe asistir a clase, apuntarse a clubes y hacer nuevas amigas. Mientras tanto, Shizuma Hanazono, la única Etoile de Astraea Hill, se siente atraída por esta nueva y emocionante alumna transferida. A medida que Shizuma y Nagisa se van conociendo, Shizuma decide finalmente que es hora de enfrentarse a su turbulento pasado.
