Han pasado tres años después de la batalla decisiva al final de Yamato Takeru y la paz ha regresado a la tierra. Takeru, Oto y sus amigos regresan a la aldea y continúan viviendo sus días felices hasta que una noche Shuranoo, pilotado por Mikazuchi, marca un regreso y aparece en la aldea para causar estragos. Takeru se queda sin otra opción y se ve obligado a reactivar el Susanoo sellado de su letargo. Sin embargo, esto es sólo el comienzo de una nueva amenaza, y Takeru tiene que superarse a sí mismo si quiere rescatar a Oto del peligro inminente.
(Fuente: AniDB)