A.E. 73: Aunque la segunda batalla de Yachin Due puso fin a la guerra entre los Naturales y los Coordinadores, las tensiones entre ambas razas están en su punto álgido. Durante una reunión entre el presidente de PLANT, Gilbert Dullindal, y la representante de Orb, Cagalli Yula Athha, una unidad de soldados secuestra los Gundams recién desarrollados por ZAFT. El soldado de ZAFT Shinn Asuka, junto con sus amigos de la nave Minerva de ZAFT, sale en una misión para intentar impedir este secuestro. Con la ayuda del guardaespaldas de Cagalli, Athrun Zala, el Minerva persigue a la nave desconocida que secuestró los Gundams hasta que se produce un problema aún mayor que conduce al inicio de la segunda Guerra de San Valentín Sangriento.
Nota: En marzo de 2013 comenzó la emisión de la versión remasterizada en HD. Al igual que la remasterización en HD de Gundam SEED, la remasterización de esta serie no solo mejora la animación, sino que también modifica diálogos y escenas del original, además de introducir nuevos trajes móviles. El número de episodios de la remasterización fue de 50. El episodio recapitulativo «Refrain» se omitió por completo en la remasterización en HD, mientras que el episodio final se dividió en dos partes: «Final Power» y «The Chosen Future», basadas en el especial televisivo «The Chosen Future», con metraje adicional.
